Indonéská džungle
Pavilon nazvaný Indonéská džungle nás zavede do tropického deštného lesa a mangrovů jihovýchodní Asie. Má podobu obrovského skleníku zapuštěného částečně pod úroveň terénu a jedinou bariérou mezi návštěvníky a zvířaty jsou uvnitř vodní plochy. Pavilon vyrostl v místech starého pavilonu opic a je domovem ornagutanů, gibonů, hulmanů a makaků. Najdete tu však i další obyvatele tropického lesa včetně varanů komodských, volně létajících ptáků, vyder malých ap. Stavba byla dokončena v roce 2003 a pro veřejnost byla otevřena v roce 2004.
Afrika zblízka
Pavilon malých živočichů byl postaven v roce 1956. Po téměř 50 letech své existence potřeboval celkovou rekonstrukci. A tak se přeměnil v pestrý zajímavý pavilon nazvaný Afrika zblízkam který byl otevřen 21. února 2004. V pavilonu se uplatnila četná originální řešení expozic. Menší terária a insektária jsou obsluhována z chodby zezadu formou kontejnerů. Expozice talapoinů severních využívá přírodního podkladu, v němž přímo koření rostliny. Expozice podzemních živočichů jsou řešeny tak, aby měl návštěvník možnost pozorovat jejich činnost při hrabání chodeb. Součástí pavilonu je expozice nočních živočichů , osvětlená namodralým světlem během dne a bílým světlem v noci. Celkem najdou návštěvníci v Africe zblízka téměř 60 druhů živočichů ve více než 40 různých expozicích.
Pavilon goril
Na první pohled celkem nenápadná stavba stála od prvních chvil před velkým problémem. Nachází se totiž v záplavovém pásmu, a tak byli architekti nuceni vyřešit případnou evakuaci zvířat při stoleté vodě. Právě z toho důvodu se nad rovnou, mírně se svažující střechou tyčí jakási věžička s poněkud nelogicky vyhlížejícími dveřmi, jež vedou zdánlivě nikam. Do nástavby mají zevnitř přístup zvířata, zatímco zvenčí by se k nim chovatelé mohli dostat loďkou právě zmíněnými dveřmi. Venkovního výběh je svažitý, otočený k jihu a je řešený tak, aby zvířata nemohla uniknout, aniž by návštěvníky rušily nějaké masivní zábrany. Za horizontem výběhu se táhne hluboký příkop s kolmými stěnami, jištěný navíc elektrickým ohradníkem. Ohradníkem jsou opatřené i stromy rostoucí po krajích výběhu. Sklo oddělující zvířata od lidí je (stejně jako v pavilonu) ze silného, několikavrstvého pancéřového skla.
Venkovní expozice orangutanů a gibonů
Venkovní výběh pro orangutany a gibony lary je řešen jako voliéra, protože se jedná o zvířata, která skvěle šplhají a skáčou a z prostorových důvodů není možné výběh ohraničit vodou. Návštěvníci pozorují zvířata přes skleněné výkladce opatřené bezpečnostním sklem. Výběh je určen pro rodinu orangutanů sumaterských (samec, samice a 2 mláďata) a pár gibonů larů.
Pavilon kočkovitých šelem
V roce 1932 začala stavba pavilonu šelem pod skálou, kde byla v 1. patře terária. Pavilon sloužil do roku 1991, kdy byl v souvislosti s výstavbou kmenové stoky odstřelen. Mezitím probíhala stavba dnešního pavilonu. Stavba byla zahájena v roce 1983 a dokončena v roce 1991, kdy byl také pavilon otevřen pro veřejnost. Během povodně v srpnu 2002 byl pavilon velice vážně poškozen a jeho oprava začala na jaře 2004. Jednalo se o velice náročnou akci, při které došlo k úpravám při řešení interiéru pavilonu. Jeho základní dispozice zůstává zachována. V prostoru bývalého zádveří je po levé straně vybudováno prostorné terárium nazvané "Sonora", určené pro pouštní ještěry včetně korovců jedovatých. Nově jsou v pavilonu umístěné anakondy velké ve zvláštním akvateráriu. Uprostřed pavilonu se nachází prostorné terárium s biotopem středoamerické poušt, které obývají leguáni kubánští spolu s několika druhy ptáků. Nově k nim přibyli leguáni nosorozí a želvy kubánské, objeví se tu i lvíčci zlatohlaví.
Lachtani
Pavilon tučňáků i expozice lachtanů byly významně poškozeny povodní v roce 2002. Dominantním prvkem nového venkovního výběhu se staly velké kamenné bloky, které vytvořily prostředí skalnatého pobřeží s kamenitou pláží a velkým venkovním bazénem, který umožnil pohled pod vodní hladinu. V podobném duchu se navázalo i v případě expozice lachtanů tak, aby vznikl harmonický celek. Naproti bazénu lachtanů je vybudována návštěvnická tribuna pro 260 sedících návštěvníků. Má vzhled k jihu obráceného svahu s lavicemi, kameny a výsadbou. Pohled pod vodní hladinu nabídnou velké prosklené plochy, které se nacházejí v umělé jeskyni. Její interiér navozuje dojem, jako by byl vymletý příbojem, s pozůstatky kamenných pilířů a torzem lodi, které uvízlo v písku.
Tučňáci
Pavilon tučňáků byl zasažen povodní v srpnu 2002 a byla nutná jeho rekonstrukce. Nový výběh je řešen jako část skalnatého jihoamerického pobřeží. Celková plocha činí 560 m2, z toho vlastní souš zabírá 394 m2. Souš je tvořena z 45% oblázkovou pláží, po obvodu a částečně i ve výběhu jsou použity čedičové kameny, zbytek pak tvoří travnaté porosty a nízké rostliny na skalách. Ve výběhu se nacházejí dva bazény. Hlavní má hloubku od 30 cm do 1,5 m a celkovou plochu hladiny 130 m2. Návštěvníci mohou tučňáky pozorovat přes skleněnou stěnu dlouhou celkem 15 m, která je tvořena tabulemi bezpečnostního skla o tloušťce 3 cm, ukotveného v nerezových sloupcích. Malý bazének má plochu 36 m2 a hloubku do 65 cm.
Pavilon Sečuán
V dolní části zoologické zahrady stával jeden z nejhezčích pavilonů pražské zoo. Byl určen pro vodní ptáky a vznikl v 60. letech 20. století. Jedinečný byl nejen půlkruhový půdorys, ale také velká okna z tzv. drátoskla, která spolu se skleněným světlíkem v šikmé střeše pouštěla do interiéru spoustu světla. Po dlouhou dobu byl pavilon vzhledem ke špatnému technickému stavu uzavřen a nakonec dílo zkázy dokončila povodeň v srpnu 2002. Přesto byla na jaře 2003 zahájena celková rekonstrukce. Vnitřní prostor zůstal i nadále prostorem jediným, společným pro návštěvníky i zvířata. I nadále je pavilon určen ptákům. Představuje prostředí vysokých hor, především asijských, a proto dostal název "Sečuán". Přirozená vegetace (především bambusy a pěnišníky) a soustava cestiček, potoků i můstků umožňuje vychutnání bezprostřední blízkosti pozemních i stromových druhů ptáků.
Rozhledna Obora
Rozhledna Obora slouží jako vyhlídková věž, která návštěvníkům zoo nabídne atraktivní pohled nejen na vlastní areál zoo, ale také netradiční panorama Prahy. Má tvar dvou nestejných příhradových čtyřbokých komolých jehlanů vnořených do sebe. Čtvercový půdorys má rozměry 5,20 x 5,20 m a směrem nahoru se sbíhá. Celková výška dřevěné části rozhledny je 18,50 m + stožár hromosvodu. Vertikálně je na rozhledně umístěna nástupní plošina a 5 vyhlídkových plošin, které jsou vzájemně propojeny dvouramennými schodišti s mezipodestami. Stavba je založena na 4 základových trámech, podepřených betonovými základovými patkami obloženými přírodním lomovým kamenem.