Zásadní myšlenkou vzdělávacího systému Jana Amose Komenského bylo, že „i to nejméně nadané dítě lze alespoň trochu vychovat“.
Komenský vytvořil typologii vyjadřující přirozené rozdíly mezi dětmi, které musí vychovatel respektovat. Děti dělil na:
1. bystré, dělají radost
2. bystré, líné
3. bystré, vzpurné
4. s nedostatkem bystré mysli
5. s nedostatkem bystré mysli, líné
6. s nedostatkem bystré mysli, vzpurné
Vhodným příkladem by dítěti měli být jeho vlastní rodiče. Při výuce by měla být dodržena zásada názornosti, která umožní přímou žákovu zkušenost a tím snazší zapamatování učiva. Získané poznatky by se pak měly děti naučit využívat v praxi. Látka by na sebe měla navazovat, a to nejen v rámci jednoho předmětu, ale i vzhledem k ostatním. Učitel by také měl vycházet z věkových a individuálních schopností dítěte a soustavně s nimi učivo opakovat.
Komenský odmítal tělesné tresty za neznalost vyučované látky, v určitých případech je ale připouštěl za porušení kázně, která zůstávala na prvním místě. K udržení pozornosti dítěte se podle jeho učení mělo docílit pestřejší skladbou výuky a zajímavým přístupem k výkladu. Učitel měl děti dovést ke třem základním cílům:
1. vzděláním ve vědách, uměních a řemeslech se naučit poznat sám sebe a okolní svět
2. výchovou mravní dospět k sebekázni
3. povznést se k Bohu výchovou náboženskou
Revoluční změny Komenský kázal nejen ve výuce, ale i v samotné školní organizaci. Poprvé definoval pojem školní rok, školní prázdniny a školní týden. Doma by se výchově měli věnovat rodiče, a to od narození do šesti let dítěte. Následovala školní docházka do obecné školy, kde se učí číst, psát, počítat, náboženství, zpěv, ruční práce a reálie (učení o přírodě a společnosti). Škola je společná pro chlapce i dívky do dvanácti let a vyučování probíhá dvě hodiny dopoledne a dvě hodiny odpoledne. Mládež od 12 roku života do 18 let pak navštěvuje školu latinskou, která doplní vzdělání o sedmero svobodných učení (gramatika, rétorika, dialektika, aritmetika, geometrie, astronomie a múzika), přírodní vědy, zeměpis, dějepis, matematiku a jazyky. Od 18 do 24 let slouží ke vzdělávání akademie, tedy vysoká škola, kde by se studovalo bohosloví, práva nebo medicína. Po ukončení vzdělávání by měl člověk cestovat, aby si rozšířil obzory. Jan Amos Komensky zároveň zdůrazňoval, že vzdělávání v podstatě nikdy nekončí, ale že je třeba se mu celoživotně věnovat.