Вторая половина 60-х лет обозначена как период оттепели, период постепенной либерализации. Ее носителями была часть коммунистических политиков и, в первую очередь, СМИ. Дух реформ овладел и Чехословацким радио. «Атмосфера была, несомненно, более свободной, - вспоминает публицист Йиржи Ганак, который в 60-е годы работал как комментатор Радио Прага, - проникло это, главным образом, в центрально готовящиеся программы, в которых мы могли описать ситуацию в Чехословакии именно такой, какой она была на самом деле. Повлияло это и на наши международные комментарии». Ольга Сантова, которая в 60-х годах работала как редактор в американской редакции, вспоминает:
«Определенная доля свободы наступила и проявилась, в основном, в программах о Чехословакии, которые мы, как языковые редакции, получали и которые потом отправлялись за границу. Советские радиостанции даже отказывались эти программы в 1968 году выпускать в эфир. Работа нам тогда очень нравилась, была разнообразной, мы много выезжали и записывали много материала в «натуральных условиях». Но нужно сказать, что стиль работы не слишком изменился. Все тексты должен был одобрить зав.редакцией, а потом эти тексты мы предъявляли работниками Главного управления пресс-надзора. Там ставили печать. Даже смешно бывало, потому что эти люди часто не умели читать на иностранных языках, но без печати выпускать материал в эфир было запрещено. И, несмотря на это, существовала еще и сильная автоцензура. Все очень хорошо знали, что можно себе позволить написать, а что – нет. Цензура в стиле Главного управления была прекращена только в 1968. После Пражского поражения тексты вновь стали проверяться новыми зав. редакциями. Но мне уже не пришлось этого переносить, так как меня почти сразу после 68-го выгнали».
«Пражская весна» закончилась вторжением войск Варшавского договора в Чехословакию ночью с 20 на 21 августа 1968 года. Как вспоминает бывшая редактор американской редакции Сесильо Кржижова, все началось 21 августа утром: «Я была одной из тех счастливиц, кому удалось проникнуть в здание радио, так как пражские улицы и некоторые мосты были забаррикадированы. Отчитала новости о вторжении войск Bаршавского договора, которых никто не звал, и передала слово французскому коллеге. Вдруг открылась дверь студии, вошел высокий солдат в запыленной форме, нацелил на меня автомат и сказал: «Вон!» Я ответила ему, что я и так уже ухожу. Так закончилась моя 19-летняя работа на Радио Прага. У меня было готово интервью с американской актрисой Ширли Темпл, которое я записала накануне. Это интервью уже никогда не вышло в эфир. Вскоре я уехала в США».
В августе 1968 года почти идентично повторилась ситуация, сложившаяся в мае 1945 года. 21 августа утром было передано Заявление руководства ЦК Компартии Чехословакии, осуждающее вторжение войск Варшавского договора на чехословацкую территорию. У здания радио стали собираться люди. Началась стрельба. Несколько человек было убито и ранено. Следы разрушений в фасадах окружающих домов до сих пор напоминают о действиях советских войск. В 8 утра советские солдаты заняли здание радио. Вещание в его студиях было остановлено, но удалось возобновить его в тех студиях, которые советским солдатам найти не удалось. На следующий день вещание было перенесено из главного здания Чехословацкого радио в другое место. Таким образом выходило в эфир и Радио Прага. Вещание было ограничено на десятиминутные информационные выпуски на чешском, словацком, английском, немецком, французском и испанском языках. Это тайное вещание длилось до 9 сентября, пока советские солдаты не ушли из главного здания, и сотрудники смогли вернуться в свои нормальные студии.