Добившись успеха в области коммерческой иллюстрации, Муха решил воплотить в жизнь свою давнюю мечту — прославить в своих работах славянскую культуру. Возможно, в этом решении сказались традиции классических академий живописи. Только в масштабных работах в 18 и 19 веках видели возможность оставить своё имя в истории искусства.
Кроме того, масштабные работы всегда были проверкой мастерства художника на зрелость: прежде всего в умении выстроить сложную, многофигурную композицию. Муха начал работу над одним из самых больших проектов в своей жизни — национально - историческим циклом огромных картин, который Муха назвал «Славянский эпос». Проект финансировал чикагский миллионер Чарльз Крейн. Крейн сам был очень талантливым художником. Он иллюстрировал детские книги, и на их выпуске сделал себе состояние. Изначально Муха надеялся завершить работу за пять-шесть лет, однако дело затянулось почти на два десятилетия.
«Уже в 1900 году в Париже я был намерен посвятить вторую половину своей жизни работе, которая бы помогала формировать и укреплять чувство национального самосознания», - написал художник в 1928 году, когда завершил «Славянскую эпопею»: «Я убежден, что развитие каждого народа может успешно продолжаться только тогда, когда оно вырастает органически, непрерывно, не отрываясь от своих корней. А для сохранения этой непрерывности необходимо знание своего исторического прошлого».
Создавая свои монументальные полотна, Альфонс Муха целенаправленно остерегался всего, что могло бы напоминать о раздорах и пролитой крови. «Целью моих произведений не было разрушать, а всегда только строить, возводить мосты, так как мы все должны питать надежду, что человечество сблизится. И это сближение будет происходить тем быстрее и проще, чем больше люди узнают друг о друге», - писал Альфонс Муха.
Сразу же после возвращения в Чехию в огромном Хрустальном зале замка Збирог недалеко от Праги он принялся за работу. В течение последующих восемнадцати лет из-под его кисти вышло двадцать монументальных полотен,
Плакат к выставке
изображающих переломные вехи в истории славянских народов, в частности, «Славяне на исторической родине», «Симеон, царь Болгарии», «Проповедь Яна Гуса», «После Грюнвальского сражения», «Ян Коменский покидает родину» и «Отмена крепостного права в России». Картины написаны маслом в сочетании с яичной темперой. Первые работы были площадью в 48 квадратных метров, но фабрика,которая делала для них холсты, пострадала в Первую мировую войну, и для следующих работ размер холста пришлось уменьшить почти вдвое.
В 1928 Муха заканчивает свою «Славянскую эпопею» и дарит городу Праге двадцать массивных полотен, посвященных знаменательным событиям в истории славянских народов. Чешские критики того времени оценили их как анахронизм, а тематику посчитали националистической, хотя в Соединенных Штатах цикл был принят с энтузиазмом. Своё мнение критики основывали на том, что эпос Мухи "опоздал" по времени на целое столетие. Масштабные академические картины на исторические темы были актуальны для европейской живописи в начале 19 века, в эпоху романтизма. В 20 веке они уже ничего не давали для развития живописи,как искусства. Эпос Мухи отличался, по мнению критиков, скованностью в употреблении художественных средств, излишним пафосом и навязчивым монументализмом. Это мнение сыграло свою роль в судьбе эпопеи Альфонса Мухи в его родной стране. Вследствие того, что в тогдашней Праге не нашлось галереи, которая могла бы разместить её всю целиком, она временно экспонировалась в Дворце ярмарок, а после войны была помещена в замке в городке Моравски-Крумлов (чеш. Moravský Krumlov; доступна для осмотра с 1963). Художник продолжал работать над циклом «Славянская эпопея», делал эскизы новых картин.
Первый в мире музей Альфонса Мухи был создан в Японии. Изысканная декоративность японского изобразительного искусства и изысканная декоративность работ Мухи оказались настолько родственными друг другу по духу,что японцы открыли музей художника намного раньше,чем он был открыт на его родине. Творчеству Альфонса Мухи посвящены музей в Праге, открытый в феврале 1998 года недалеко от Вацлавской площади, в центре города, экспозиция цикла «Славянская эпопея» в Моравски-Крумлове и выставка о ранних годах его жизни в отреставрированном здании бывшего суда в Иванчице.
Музей в Праге был открыт благодаря активности внука Мухи - Джона Мухи. В настоящее время здесь представлена лишь часть творчества Мухи. В основном, это – пользующиеся во всем мире популярностью декоративные панно, а также проекты и окончательные варианты художественных плакатов. В отделе под названием «Парижские плакаты» центральное место уделяется театральным афишам с изображением великой французской актрисы Сары Бернар – на одной - в образе «Джизмонды», на другой – «Медеи». Произведения Мухи входят в коллекции многих видных музеев и галерей мира. В настоящее время разрабатываются планы строительства в пражском парке Стромовка, недалеко от бывшего выставочного комплекса, специального здания для экспонирования «Славянской эпопеи». Эпос Мухи планируется вернуть в Прагу в 2010 году.
Сенсацией стало недавнее открытие целого собрания неизвестных доселе работ Мухи, посвященных масонской тематике. 60 лет их прятала в тайнике одна чешская семья, чтобы спасти их сначала от фашистов, а затем от коммунистов. Спасенная таким образом коллекция содержит картины и эскизы масонских регалий, предназначенных для чешских и словацких лож. Есть там и коллекция фотографий сделанных художником в 20-е годы прошлого столетия. Почти одновременно с чешским собранием, были открыты неизвестные работы Мухи в Масонском музее и Масонской библиотеке в Лондоне.