L'orchestre impérial suivit Matyáš à Vienne pour ne se rendre dans les pays tchèques que lors des grandes cérémonies de la cour. Dans la seconde moitié du XVIIe siècle, les orchestres de la noblesse sont devenus d'importants foyers. Deux orchestres - l'orchestre de l'évêque d'Olomouc Charles Lichtenstein Kastelkorn (1664-1695) et l'orchestre de l'évêque d'Olomouc Schrattenbach (1711-1738) se distinguaient plus particulièrement. Ces deux orchestres se produisaient alors à Kroměříž et Olomouc. C'est également dans les monastères qu'on se consacrait à la musique profane. De nombreux documents de la seconde moitié du XVIIe siècle provenant du monastère cistercien de Osek u Duchcova ont été préservés.
L'opéra est apparu en Bohême pour la première fois en 1627 lors du couronnement de Ferdinand II. A partir de ce moment-là, il apparaît de nouveau lors des voyages de la maison monarchique. Au début du XVIIIe siècle, à Prague et à Brno, il est possible d'observer de nombreuses compagnies d'opéra italiennes ; aucune d'entre-elles ne parvient toutefois à s'implanter pour de bon. Le couronnement de Charles VI en 1723 marque un tournant décisif avec la présentation de l'opéra de Johann Joseph Fux (1660-1741) Constanza e fortezza (Constance et courage). En présence des principaux musiciens de marque de toute l'Europe, l'opéra fut présenté dans un décor d'une fastueuse beauté. Sous le charme de cet opéra, le conte Sporck fit venir, en 1724, à sa résidence de Kuks u Jaroměře la compagnie d'opéra d'Ant. Denzio et confia à ce dernier la direction de l'opéra dans son théâtre pragois.
Adam Michna de Otradovice (1600-1676), organiste, compositeur et poète de Jindřichův Hradec, est la personnalité la plus marquante du début du baroque tchèque. Grâce à sa force de création, il parvint à tenir une place de choix dans toute la production musicale d'alors. Dans deux collections intitulées Česká mariánská muzyka (1647) et Svatoroční muzyka (1661), il a produit des chants spirituels à quatre et cinq voix, parfois le Manuscrit de Jan Dismas Zelenka emprunté à la tradition populaire. De nombreux chants de Michna ont été repris plus tard par les éditeurs du recueil de cantiques, et son chant Chtíc, aby spal reste dans la mémoire populaire jusqu'à aujourd'hui. Loutna česká (1653), ensemble de compositions spirituelles pour deux sopranos avec accompagnement de deux ou trois violons et d'une basse continue, était un peu plus artificiel.
Zelenka et Černohorský représentent indiscutablement le summum du baroque tchèque. Jan Dismas Zelenka (1679-1745) était originaire de Louňovice pod Blaníkem. Il étudia la musique à Vienne et en Italie. Dans son invention mélodique, particulièrement dans la rythme, les traits de la musicalité tchèque qui le distinguent nettement de ses contemporains italiens et allemands sont évidents. Au caractère mélodieux qui lui était propre, Zelenka joignit une parfaite maîtrise dans laquelle il faisait valoir une excellente technique contrapuntique et un caractère mélodieux d'air librement développé, divisé en formes da capo fermées. Encore de son vivant, ses contemporains, Telemann et J.S.Bach apprécièrent à sa juste valeur l'art de composer de Zelenka.
Bohuslav Matěj Černohorský (1684-1742) est né à Nymburg. Très peu d'informations le concernant ont été conservées. C'est pourquoi nous ne pouvons retracer sa vie que de manière approximative. Il en est de même de ses compositions. Malgré la renommée du compositeur, très peu d'entre elles ont été conservées. Nous connaissons son remarquable moteto Laudetur Jesus Christus (une splendide fugue vocale avec l'accompagnement d'un orgue), ensuite Regina coeli sous forme de cantates de concert, plusieurs compositions pour orgue, des fugues et des toccatas. Toute l'école des compositeurs, dont Josef Ferdinand Seger, Jan Zach et František Tůma sont les principaux représentants, est liée à son nom.
Josef Seger (1716-1782) est l'auteur de remarquables compositions pour orgue ainsi que de fugues sur le thème de J.S.Bach, et de fugues sur le chant Narodil se Kristus Pán.
Compositeurs importants
Adam Michna de Otradovice (1600-1676)
Jan Dismas Zelenka (1679-1745)
Bohuslav Matěj Černohorský (1684-1742)
Jan Zach (1699-1773)
František Tůma (1704-1774)
Josef Seger (1716-1782)