La ocupación nazi de Checoslovaquia tuvo consecuencias trágicas para Lidice. Para suprimir la creciente resistencia anti-fascista, el Jefe de la Policía de Seguridad, Reinhard Heydrich, fue nombrado Delegado del Protector del Reich, en septiembre de 1941. El conjunto de la nación checa estaba al corriente de la decisión del gobierno en el exilio en Londres de acabar con Heydrich. La operación, realizada por paracaidistas checos, consiguió herir mortalmente a Heydrich, el 27 de mayo de 1942. El vago contenido de una carta, dirigida a una mujer, llevó a las sospechas de la Gestapo de Kladno de que había alguna conexión entre el asesinato de Heydrich y la familia Horák, en Lidice, que tenía un hijo sirviendo con el ejército británico. Aunque las investigaciones y el registro domiciliario no proporcionaron ninguna prueba incriminatoria, armas u otro material, los nazis tenían que llevar a cabo algún acto de venganza por la muerte de Heydrich, y por eso se escogió la pequeña ciudad de Lidice.
La tragedia de este pequeño pueblo de 503 habitantes comenzó el 10 de junio de 1942, horas antes de la medianoche. Bajo las órdenes de K.H. Frank, 173 hombres de Lidice fueron fusilados, mientras que las mujeres y los niños fueron trasladados al recinto de la escuela de Kladno. Tres días después, los niños fueron separados de sus madres, excepto aquellos escogidos para ser sometidos a reeducación en familias alemanas, y niños menores de un año, el resto fueron gaseados en vehículos especialmente adaptados, en el campo de concentración de Chelmno. Las mujeres fueron enviadas al campo de concentración de Ravensbrück, donde la mayoría de ellas murió. Después de sacar a sus habitantes, las tropas nazis comenzaron la destrucción del pueblo, primero incendiando las casas y posteriormente arrasando lo que quedaba con explosivos, incluyendo la iglesia y el cementerio. En 1943, todo lo que quedaba era un espacio vacío, y hasta el final de la guerra toda la zona estaba señalada con avisos que prohibían la entrada.
La intención del Memorial de Lidice es hacerse cargo de la preservación permanente del recuerdo de la ciudad de Lidice y del sufrimiento de sus residentes, que el 10 de junio de 1942 se convirtieron en víctimas de la violencia fascista, y convertir el nombre del pueblo de Lidice en un símbolo mundial de todas las víctimas de los crímenes de guerra. En 1947, los fundamentos de la nueva ciudad de Lidice fueron puestos, 300 metros más allá del sitio original, y en mayo de 1948 comenzaron los trabajos de reconstrucción de las primeras casas. La zona antigua fue preservada como un memorial, incluyendo la fosa común de los hombres del pueblo, un monumento y un museo. Entre esta zona y el nuevo pueblo, un “Parque de la Paz y la Amistad”, abierto en junio de 1955, donde miles de rosas de diferentes partes del mundo fueron plantadas. A comienzos de los años 1950 fue abierto el primer museo. En 1962, el museo de Lidice se expandió y el centro histórico se convirtió en un memorial y, en ocasión del 20 aniversario de la tragedia, fue dedicado un nuevo museo. La exposición del museo contiene elementos de la antigua vida de los residentes de Lidice, utensilios de sus casas y objetos que han sido descubiertos lentamente en la zona de la ciudad destruida. Los nombres de todos los niños muertos puede verse grabados en paredes de mármol, y los rostros de los 173 ejecutados, así como algunos de sus documentos personales, se pueden encontrar en la parte frontal de la exposición.
El monumento más emotivo que está colocado en la zona es el dedicado a los niños de Lidice. La autora del monumento es Marie Uchytilová. Se trata de una pieza única y realmente impresionante que la autora quiso dedicar a todos los niños víctimas de la Segunda Guerra Mundial. Las primeras estatuas del monumento fueron colocadas en 1995, y fue completado en el año 2000. Se trata de un conjunto con 82 figuras de tamaño natural (42 niñas y 40 niños), mirando hacia el valle, que actualmente es visitado por decenas de miles de personas cada año.