Die Kaiserkapelle zog in der Zeit der Herrschaft von Kaiser Matthias nach Wien um und reiste nur noch zu großen Feierlichkeiten bei Hofe nach Böhmen. Die Kapellen der Adligen wurden in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts zu wichtigen musikalischen Brutstätten. Insbesondere zwei Kapellen stechen hervor - die Kapelle des Olmützer Bischofs Karl Lichtenstein Kastelkorn (1664-1695) und die Kapelle des Olmützer Bischofs Schrattenbach (1711-1738). Beide Kapellen wirkten in Kroměříž (Kremsier) und Olomouc (Olmütz). Zudem wurde in Klostern die weltliche Musik gefördert. Leserliche Dokumente sind aus der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts aus dem Zisterzienserkloster in Osek (Osseck bei nordböhmischen Duchcov/Dux) überliefert.
Die Oper gelangte das erste Mal im Jahr 1627 bei der Krönung von Ferdinand II. nach Böhmen. Seitdem wurde sie bei Ausflügen des Herrscherhauses aufgeführt. In Prag und Brno (Brünn) lassen sich seit dem 18. Jahrhundert viele Staggioni italienischer Operngesellschaften beobachten; keine dieser konnte jedoch langfristig in Böhmen und Mähren gehalten werden. Ein entscheidender Umschwung ergab sich erst zur Krönung von Karl VI. im Jahr 1723, als die Oper Constanza e fortezza von Johann Joseph Fux (1660-1741) mit ungewöhnlich prunkhafter und prachtvoller Ausstattung und unter Beteiligung der führenden Musiker Europas aufgeführt wurde. Unter dem Einfluss dieser Oper berief Graf Sporck im Jahr 1724 die Operngesellschaft von Antonio Denzio an seinen Sitz in Kuks bei Jaroměř und übertrug ihr die Leitung der Oper in seinem Prager Theater.
Die herausragendste Persönlichkeit des frühen tschechischen Barock ist der Orgelspieler, Komponist und Dichter Adam Michna aus Otradovice (1600-1676). Ihm gelang es sich mit seiner Schaffenskraft einen bedeutenden Platz in der gesamten damaligen Produktion zu verschaffen. In zwei Sammlungen, Česká mariánská muzyka (1647) und Svatoroční muzyka (1661) genannt, schuf er vier- und fünfstimmige geistliche Gesänge, oft entlehnt aus der Volkstradition. Eine Reihe von Michnas Gesängen wurde von späteren Herausgebern von Gesangbüchern übernommen, und sein Lied Chtíc, aby spal (Der Wunsch, dass er schlafe) steht bis heute in der Tradition des Volksliedes. Ein wenig künstlicher war Loutna česká (Die böhmische Laute, 1653), eine Sammlung geistlicher Werke für zwei Soprane, in Begleitung von zwei bis drei Violinen und einem Generalbass.
Die wichtigsten Erscheinungen des tschechischen Barock sind ohne Zweifel Zelenka und Černohorský. Jan Dismas Zelenka (1679-1745) stammte aus Louňovice pod Blaníkem. Er studierte Musik in Wien und in Italien. Seine melodischen Erfindungen, vor allem in der Rhythmik, sind sichtbare Eigenschaften der tschechischen Musikalität, die ihn deutlich von seinen italienischen und deutschen Zeitgenossen unterscheiden. Seine individuelle Melodik hat Zelenka mit vollendeter Meisterschaft verbunden. Er bringt eine hervorragende kontrapunktische Technik mit einer locker entwickelten arienartige Melodie, die in die geschlossenen Formen eines Da Capo eingegliedert ist, zur Geltung. Noch zu seinen Lebzeiten schätzten Zelenkas Zeitgenossen Telemann und J. S. Bach sein Schaffen.
Bohuslav Matěj Černohorský (1684-1742) wurde in Nymburk geboren. Über ihn ist nur sehr wenig Wissen bis in die Gegenwart gedrungen, so dass wir seinen Lebenslauf nur ungefähr rekonstruieren können. Ähnlich geht es uns dabei auch mit seinen Kompositionen, über die wir außer über den Ruhm des Komponisten nur sehr wenig wissen. Bekannt ist seine erstklassige Motette Laudetur Jesus Christus (eine großartige Vokalfuge mit Orgelbegleitung), des weiteren Regina coeli in der Form einer Konzertkantate, und noch einige Orgel-, Fugen- und Toccata-Kompositionen. Mit seinem Namen ist eine ganze Komponier-Schule verbunden, zu der namentlich Josef Ferdinand Seger, Jan Zach und František Tůma gehören.
Josef Seger (1716-1782) ist der Autor hervorragender Orgelkompositionen sowie von Fugen zu Themen von J. S. Bach und der Fuge auf das Lied Narodil se Kristus Pán (Christus der Herr ist geboren).
Wichtige Komponisten
Adam Michna aus Otradovice (1600-1676)
Jan Dismas Zelenka (1679-1745)
Bohuslav Matěj Černohorský (1684-1742)
Jan Zach (1699-1773)
František Tůma (1704-1774)
Josef Seger (1716-1782)